La Sabana de Bogotá fue un gran lago que se originó en el proceso final de formación de la Cordillera Oriental hace siete millones de años. El lago desapareció con la creación del Salto del Tequendama, cuando Botchiqa -según cuenta la tradición mhuysqa- tocó las rocas con su bastón y le dio paso a las aguas. La Sabana se transformó radicalmente, pero no dejó nunca de ser una planicie inundable. Como recordando al primer lago, en la temporada de lluvias sus suelos arcillosos retienen el agua.
El río Bogotá atraviesa la Sabana de norte a sur. Desde antes de entrar a Bogotá, su cauce se encuentra confinado por jarillones que no permiten que este se expanda. En la ciudad, los jarillones separan al río de los humedales, lo que impide que a su cauce retornen las aguas purificadas.
Los cuerpos de agua que desembocan en el río Bogotá por el borde norte son afluentes sin vida. El río absorbe los desechos de Chía y Cota, y atraviesa los 88 kilómetros de su trayecto por Bogotá, apenas arrastrándose. En el camino igualmente recibe las aguas contaminadas de los ríos urbanos Torca, Salitre, Fucha y Tunjuelo, que lo debilitan y dejan sin aliento. A lo largo de su cuenca media, el rio prácticamente corre muerto. Pero aguas más abajo, con inmensa nobleza, este vuelve y revive.